6月13日宣 2024年第104届天皇杯第二轮全部战罢，经过第一轮淘汰赛后，共有64支球队参加第二轮淘汰赛，而本轮比赛出现了不少冷门。

J联赛领头羊町田泽维亚与筑波大学在120分钟内战成1-1，最终点球大战2-4不敌对手；亚冠亚军横滨水手与J3球队FC岐阜在120分钟内战成2-2，最终点球大战5-4惊险过关；J联赛强队名古屋虎鲸更是主场0-1不敌日本足球学院。

本轮天皇杯，也出现了一些实力悬殊的大比分比赛，比如广岛三箭11-2狂扫下关鲸鱼 ​​​，福冈黄蜂8-0大胜福山城等。

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